午後3:30からの予選2回目が始まる前に1回目の予選のタイムおよび順位の訂正が発表された。
#1のエリック・コマスがシケインをショートカットしたため、1回目のベストラップタイムが取り消しとなり、8位から13位にポジションダウンとなってしまった。

2回目の予選は、日が翳り、気温、路面温度ともに低下したため、絶好のタイムアタックチャンスとなった。1回目のペナルティの汚名を晴らすべく、#1はコマスがコースイン。3周の確認走行の後、ニュータイヤに換装してアタックラップをスタートした。
1周目に2'02"330のベストラップを記録。11位にポジションアップし、汚名挽回に成功した。

#2は、ミハエル・クルムが再びタイムアタックを実行した。#1と同様、確認走行の後、新品タイヤを装着。1周目に午前のタイムを1秒7短縮する2'00"204を記録し、一躍トップに踊り出た。直後に#100のRAYBRIG NSXが1'59"923のコースレコードを出して逆転されてしまったが、2位のポジションは浮動のものとなった。
インターバルをおいて混走時間帯となり、#1はコマス、#2は片山右京がステアリングを握り、コースインした。7分後、ポールポジションの#100が130Rでサスペンションアームにトラブルが発生し、クラッシュ。コースでは赤旗が振られ、予選は一時中断となった。
#100の飯田章は打撲程度の様子。13分後に予選は再開され、2台のGT-Rは決勝に向けた確認走行を繰り返し、予選を終了した。

公式予選後の指名再車検で#2が燃料タンク容量オーバーを指摘され、公式予選暫定結果発表から約4時間後の21日夜、再車検失格によって全ての予選タイム抹消が宣告された。車両規則違反ながら決勝日出走前までに規則合致が確認されればレースへの出場は認められる。但し、GT500クラス最後尾からのレーススタートとなる。
【柿元監督のコメント】
「本日予選後の再車検に於いて、#2の燃料容量が3.4リッター超過しているとの裁定をうけました。当該車輌は、前戦のMINEレースにおいてクラッシュしたため、燃料タンクブラダ(ラバー製のフューエルセル)を新品に交換しています。事前に燃料容量が100リッター未満であることを確認してまいりましたが、結果的には、それを覆うスティール製コンテナも変形していた為に、金曜、土曜での満タン走行を経ることで燃料タンクブラダが膨張したようです。日頃より、規則の遵守に務めてまいりましたが、このような結果になり大変残念です。関係各位にご迷惑をおかけしたことをお詫び申し上げます」