「ル・マン富士1000kmレース」は、11月6日(土)、富士山の姿も眩しい快晴の元、11:10から公式予選が開始した。
ニスモからエントリーした「ニッサンR391」は、E.コマスがコースイン。数周の確認走行ののち、早速タイムアタックに臨んだ。予選用タイヤに交換し、前日までのテスト走行のベストラップを上回る1'16"988をマーク。早々とトップポジションを獲得した。ドライバーの士気も高く、さらなるタイムアップを図るためピットインしたが、コースではトラブルを起こした他車がコースにオイルを撒き、赤旗中断となってしまった。20分の予選中断の後、再度コマスがタイムアタックを目指す。しかし、コース上にはタイム差の激しい車両が多く、なかなかクリアラップがつかめない。この間に#1トヨタTS020が1'16"846のタイムを出して、トップの座を奪った。その後も、タイムアタックを試みるが、そのたびにタイミングが合わず、トップ奪還のチャンスを失った。
14:50から行われた午後のセッションでは、まず影山正美と本山哲がそれぞれ7周づつ走行し、ドライバークォリファイを済ませる。その後再び、前後の空力セッティングを予選モードに戻し、コマスにステアリングを託した。再びコンセントレーションを高めたコマスは、ソフトタイヤでコースイン。1'17"049までタイムを詰めたが、予選開始38分後に第1コーナーで他車のクラッシュが発生し、再び赤旗走行中止となった。クラッシュ車両を排除した後予選は再開し、#1が1'16"349のベストラップを出した。これを受け、コマスは1'16"814のタイムを記録するが、それ以上のタイムアップが叶わず、0.465秒差で予選2位のポジションが確定した。