各チームともタイムアップしてポジションアップを狙う第2回目の公式予選。午後には気温がさらに下がり、コースは絶好のコンディションとなった。
GT300との混走から始まった予選は、各チームとも決勝レースのためのセッティング走行に時間を使った。
ニスモの2台のスカイラインGT-Rも同様に、それぞれ#23はエリック・コマスが、#22はミハエル・クルムのファースドライバーが確認走行を担当。サスペンションの微調整をしながら、ラップを重ねていった。
途中、#23ペンズオイル ゼクセルGT-Rは、ステアリング系統にトラブルが発生し一時右側のコントロールが利かなくなったが、アクシデントを回避して無事ピットまで戻ることができた。
GT300専有時間にトラブルは解消し、再タイムアタックには支障ないことがわかった。
日が傾き、サーキットの最高部にあるグランドスタンドの影がコースとピットエリアを覆い始めた15:30、GT500の専有予選時間を迎えた。各チームとも温存していた残り1セットのニュータイヤを用意。タイムアタック合戦を展開した。
決勝レースをソフトタイヤでスタートする#22は、ミハエル・クルムが冷静ながらファイトあふれるドライビングでアタックし、午前のタイムを約0.3秒短縮する1'22"616を記録。予選4番手のポジションを確保した。
チャンピオンシップを争うライバルの#1ロックタイト無限NSXが9番手、#38auセルモスープラが13番手、#8ARTA NSXが15番手であったため、ランキングトップグループの中では最もゴールに近い位置から決勝をスタートすることとなった。
#23ペンズオイル ゼクセルGT-Rのエリック・コマスも予選1回目のタイムを約0.4秒縮める1'23"000を出したが、多くの他チームもタイムアップを果たしたため11番グリッドからのスタートとなった。