午後の予選セッションは、うす曇りの中、15:40から開始した。日差しが柔くなった分、幾分涼しく感じるものの、気温は29℃と相変わらず高い。
GT500/GT300混走時間には、ニスモは再びタイムアタックするためのセットアップに専念。両車ともアタック担当のコマス、クルムがサスペンションやエアロダイナミクスの微調整を重ねながら、セッティングを進めた。
GT300占有時間帯にコースでクラッシュおよびオイル飛散が発生し、長い赤旗中断となった。このため、スケジュールが40分ほど押し、気温、路面温度はさらに下がった。そしてGT500占有時間がスタートしたのは17:00を過ぎた頃となった。
フレッシュタイヤを温存し、再度のタイムアタックをもくろむ各チームは、この占有時間の終了間際にそれぞれタイミングを見計らってコースインした。
まずは、#36、#39が1'25"台をマークするが、予選1回目の#23ペンズオイル ゼクセルGT-Rのタイムには及ばない。しかし、今回の救済措置で2ランクの性能向上を受けた#33Team UKYOスープラが1'25"268を出してトップに踊り出る。その後#22ザナヴィ ヒロトGT-Rが1'25"516を記録。そして、#23が1'25"311を搾り出したが、#33に4/100秒及ばず2番手タイムとなった。
その後のわずかな時間に#36、#64も続けざまに1'25"台をとなり、#22は8番手で予選を終了した。