決勝は曇ったり晴れたりの天候で、予選日より涼しいコンディションとなった。14時にパレードラップが始まり、14時6分に記念すべきマレーシアにおける54周のGTレースがスタートした。
1周目、予選3位のスープラが出遅れ、後続の2台のスープラが接触コースアウトしたりするなど混乱の中、GT-R勢はステディに走行しポジションキープ。しかし3周目の1コーナーで#12カルソニックの星野が縁石をまたいでアンダーパネルを破損。ペースが上がらないためピットインし、タイヤを交換してコース復帰した。
しかしその後も全くペースが上がらないため、13周で再びピットイン。しばらく足回りをチェックしていたが、そのままガレージにマシンを入れてリタイアとなってしまった。
GT-R勢は4〜6位を走行。中でも#3ユニシア・ザナヴィの田中の走りが好調で、前を行くスープラにプレッシャーをかけ続けた。
そしてバトンを受け取った長谷見もコースインした直後のアウトラップでNSXとバトルをするなど観客を沸かせた。
しかし6位走行中にいきなりピットイン。ボンネットを開けて作業後、コースに復帰するもストップ。残念ながら、#3ユニシア・ザナヴィは39周目にレースを終えてしまった。